因水源地劃歸臺南縣政府管轄，1949年「臺南水道」更名為「臺南市自來水管理處」，水源地區域則更名為「山上淨水廠場」。1973年潭頂淨水場完工之後，山上淨水場部分功能即移轉潭頂水廠，部分空間停止使用，由台灣自來水公司第六區管理處管理。1982年台南水道因烏山頭水庫、曾文水庫與潭頂淨水場陸續完成而功成身退。