由於台南水道整體建築與空間形式極具特色，於2002年指定為縣定古蹟、2005年指定為國定古蹟，2011年起進行古蹟修復計畫，並結合原農業局苗圃規劃成「臺南山上花園水道博物館」於2019年正式開放參觀，見證日治時期衛生工程現代化的發展歷程。