亞東醫院站編號為BL05，位於板橋區南雅南路二段，於2006年5月啟用。為地下2層車站，共有3處出入口，地下一層為大廳層，地下二層為月台層，設有一座島式月台，月台門採半高式設計，站內設有公共藝術作品「河戀」。此外，為避免洪水淹入捷運隧道內，於亞東醫院站隧道開口處，設有全臺第一座昇降式全斷面防洪閘門。