第二期工程於1978年1月開工，1983年6月底完工，包括南北防波堤525公尺，漁港防波堤175公尺，深淺水碼頭1705公尺，碼頭填方29萬平方公尺，港區浚渫120萬立方公尺，另外1萬噸級修船塢及滑道各一座、貨櫃調度場及道路19公頃。