萬芳醫院站位於興隆路旁，於1996年3月通車啟用，站體與醫院共構，為首例與醫院共構之捷運車站。站體為高架四層之車站，設有1座出入口，三樓為大廳及月台層，四樓為天橋層，以轉換乘車方向，設有側式月台兩座。