水上淨水場的淨水流程，水源來自嘉南大圳北幹線及蘭潭水庫取水口，原水經由抽水井抽送至分水井，經快混池、膠凝池、沉澱池沉降固體後，進入快濾池過濾，最後進入清水池再送至市區供居民使用。廢水送入廢水池中，經由濃縮池濃縮，澄清液再利用，污泥則在曬泥場上曬乾。