由於南化水庫集水區上游降雨少，1994年6月動工進行第二期南化水庫越域引水工程計畫，於高雄甲仙大橋上游建造甲仙攔河堰，其主要功能係為攔截旗山溪的溪水，藉由輸水隧道越域引水，將旗山溪溪水送至南化水庫利用。