第二代萬華車站於1986年為了便利鐵路地下化工程與新萬華車站前站興建工程之進，於1986年遭拆除。1988年9月19日配合台北至萬華間鐵路地下化工程，改建為鋼筋混凝土的現代化白色站房(第三代)。1989年9月2日臺北車站與萬華車站之間的鐵路地下化工程竣工並通車，此為三代的萬華車站。