淡水站站體共二層，設有一座島式月台及三個出入口，站前設有公車、客運轉運站，可轉乘前往淡海、漁人碼頭、北海岸、八里等地區，車站後方建有親水公園，並且鄰近淡水老街、古蹟廟宇等景點。目前正規劃中的淡海輕軌藍海線第二期車站興建完成後，將可由淡水站轉乘。