東門站為地下四層車站，設有8處出入口，地下一樓為大廳層，地下二樓為上層月台層，地下四樓為下層月台層，採島式疊式月台設計，並設有全高式月台門。於月台層樓梯之間設有名為《璀璨東門‧龍躍永康》之公共藝術作品。