在過河段至木屐欄之間，地質平均且無較大構造的地段，使用全斷面鑽掘機開挖，也就是所謂的TBM工法，於2000年7月開始鑽掘，縮短施工時間，於2002年6月順利貫通，成為台灣首次TBM隧道成功貫通實例。