東澳車站內設置有島式月台兩座，除客運服務外，東澳站也是幸福水泥的貨運基地，站內經常可見到由散裝水泥車組成的貨運列車。雖然是設置在地面上的車站，但月台區實際上是位在一個土堤構造的上方，部分月台跨越台9線。由於同時兼有水泥貨運集散的功能，因此站區內用地寬廣，設有多條主要供貨運使用的側線。