台東站房約於1988年完工，1992年1月12日南迴線開始臨時營運，同日起卑南站也改稱為台東新站，成為南迴線與花東線的轉車站及起訖站。2001年6月1日起，台東新站至台東舊站間的路線正式停駛，而台東新站也從轉車站的角色變為南迴線與花東線的起訖站，由於台東舊站已經裁撤，台東新站也於2001年12月1日起也正式更名為台東站。