路竹淨水場的淨水流程是自阿公店水庫取水站抽取原水，透過導水管送至淨水場內原水調節池調節，接著送至初沉池，經初沉池沉澱後之原水經分水井送至快混池處理，隨後經膠凝池、沉澱池、快濾池、消毒井淨化水源後存放於清水池，最後經三萬噸配水池配送至南部科學園區以及民生用水。