1992年9月10日，六年國建鐵路地下化從萬華車站延長至板橋車站之「萬板專案」開工。1996年將原白色站房(第三代)拆除新建萬華車站，分成東西兩站房，並予以地下化，於1999年7月20日正式啓用。站體為地下1層地上2層，並預留上部3至20樓層之開發站體基礎，作為日後BOT聯合開發案之用。站場東西向則開闢為26米寬之萬板幹道，亦貫通了萬大路、康定路，並配合台北市政府─西門萬華地區再發展計畫，整體開發，塑造萬華門戶意象。