萬華車站分為東、西兩棟站房，東站設有地上16樓及地下一樓，地下一樓為台鐵月台層，地上一樓設有出入口、臺鐵售票處、自動售票機、服務台，2樓尚未開放，3樓至10樓為臺北市政府第二行政中心各機構，11樓為聯合醫院辦公層，12樓為機電層，13樓至16樓為格萊天樣大飯店宴會廳。