南港車站為台鐵路網中建築量體最大的複合式車站結構，也是全台灣最高的車站建築，車站整體分為A1、Ａ、B、C及Ｐ1五棟，每棟二樓間設有空橋相互連結。A、B棟為南港車站主體大樓，為地上30層之建築，一樓設有中長程客運站、商業空間及南、西出入口。