中央隧道(8,070公尺)位於中央號誌站經菩安號誌站(目前已廢棄)抵古莊號誌站之間。中央隧道頭頂上便是中央山脈，南迴鐵路就這樣穿越台灣本島的屋脊，同時也跨越屏東、台東兩縣的交界，來到台灣的東部。中央隧道是目前台灣鐵路中第二長之隧道，也是南廻線鐡路中最長的隧道。