紅樹林站為平面之淡水信義線(R)，與高架之淡海輕軌綠山線(V)交會車站，在淡水信義線中編號為R27，淡海輕軌綠山線中編號為V01，捷運站設有兩座出入口，側式月台兩座，並設有半高式月台門。由二樓連通層可轉乘淡海輕軌綠山線，為淡海輕軌唯一的高架島式月台輕軌車站，啟用於2018年12月23日。