板南線之新埔站為地下2層車站，共設有5處出入口，地下一樓為大廳層，地下二樓為月台層，板南線之新埔站設有島式月台一座，並設有半高式月台門，板南線欲轉乘環狀線之旅客，採站外轉乘方式，由5號出口經站外人行步道至環狀線新埔民生站轉乘。