捷運台北車站站體為地下四層之地下車站，淡水信義線之轉乘站。地面層有M1至M8八座出口。地下一層為穿堂層，可與機場捷運、台北轉運站地下一樓連通，及連通到北門站，並有R、Y、K、Z區地下街。地下二層為板南線大廳層。地下三層為板南線三、四月台層及淡水信義線大廳層。地下四層為淡水信義線一、二月台層。