忠孝敦化站為地下二層車站，共有8處出入口，為台北捷運非轉乘站中，出口最多之車站，地下一樓為大廳層，地下二樓為月台層，設有一座島式月台，月台門採半高式設計。與忠孝復興站同為可連接東區地下街之捷運站，各出入口外亦設有周邊商圈及廣場等。