南港展覽館站為地上地下各三層車站，設有8處出入口，地下一樓為轉乘通道層，地下二樓為板南線大廳層，地下三樓為板南線月台層，地上一樓為文湖線大廳層，地上三樓為文湖線月台層，兩月台各設有島式月台及全高式月台門。在南港展覽館站內多處皆設有公共藝術。