南港軟體園區站位於經貿二路上，於2009年7月通車啟用，為高架三層之車站，共有2處出入口，其中2號出口設有連通中國信託金融園區及經貿二路的天橋。南港軟體園區站二樓為大廳層及月台層，三樓為天橋層，可供民眾選擇搭乘方向，月台設有二座側式月台及全高式月台門。