中正紀念堂站為地下三層車站，設有7處出入口，地下一樓為大廳層，整體採挑高設計，穿堂層共分為南北兩部分，兩側大廳及南北兩側出入口無法由穿堂層相通;地下二樓與三樓為月台層，採島式疊式月台，為同月台平行轉乘，並設有半高式月台門。