北門站為為地下四層車站，設有3處出入口，地下一樓為連通層，可經由連通道前往台鐵、高鐵及捷運台北車站（包含機場捷運）;地下二樓為大廳層，地下四樓為月台層，設有側式月台二座，並設有全高式月台門，在站內亦有陳列部分遺跡及歷史文物於考古坑。