中山站為地下四層交會車站，設有6處出入口，地下一樓為大廳層，與中山地下街、中山藝廊相連通;地下二樓為淡水信義線月台層，島式月台一座，並設有半高式月台門；地下三樓為轉乘通道層；地下四樓為松山新店線月台層，設有島式月台一座，並設有全高式月台門。