松江南京站為地下四層車站，共設有8處出入口，地下一樓為大廳層；地下二樓為松山新店線月台層，設有兩座側式月台，並設有全高式月台門;地下三樓為轉換層；地下四樓為中和新蘆線月台層，設有島式月台一座，並設有全高式月台門。