南京復興為一高架與地下交會車站，共設有8處出入口，地上四層與地下三層共七層，地下一樓為穿堂層及轉乘通道層;地下二樓為松山新店線大廳層;地下三樓為松山新店線月台層，設有島式月台及全高式月台門;地上三樓為文湖線大廳層及月台層，設有兩座側式月台及全高式月台門；地上四樓為文湖線天橋層，設有月台聯絡天橋供旅客選擇搭乘方向。