忠孝新生站為地下三層車站，設有7處出入口，地下一樓為大廳層，地下二樓為板南線月台層，地下三樓為中和新蘆線月台層，板南線設有一座島式月台及半高式月台門，中和新蘆線設有一座島式月台及全高式月台門。