桃園機場捷運線運營模式共分五種，第一種為直達車、第二種為環北直達車、第三種為普通車、第四種為北段深夜普通車、第五種為南段深夜普通車。直達車，僅停靠5座主要車站，為台北車站(A1)、新北產業園區站(A3)、長庚醫院站(A8)、機場第一航廈站(A12)以及機場第二航廈站(A13)。