紅樹林站為地上三層車站，也是淡海輕軌唯一高架島式月台車站，設有1處出入口。一樓為大廳層及淡水信義線月台層旅客詢問處及廁所，二樓為紅樹林站轉乘連通層，三樓為淡海輕軌月台層。淡水信義線月台層設有兩座側式月台及半高式月台門、淡海輕軌月台層設有一座島式月台，並設有兩處幾米公共藝術作品。