因第一代打狗停車場腹地受限於打狗山與後壁港河道，距離高雄港也有一段距離，輪船及鐵路間轉乘不便。鐵道部於明治37年(1904年)6月開始進行填海工程，工程於41年(1907年)8月完工，42年(1908年)9月15日第二代打狗停車場再南遷往 「哈瑪星」(即今臨海三路口)，大正9年(1920年)10月1日正式改為高雄停車場並將車站遷移至今高雄港站站址處。