高雄車站為地下四層車站，地面層為車站出入口，共設四座，地下一樓為大廳層，包含售票處、鐵路警察局及捷運二號出口，地下二樓為台鐵月台層，設有兩座島式月台，地下三樓為穿堂層，地下四樓為捷運紅線月台層，設有一座島式月台。