左營/高鐵站為地下二層車站，設有2處出入口，由於預留轉乘高鐵之通道尚未施作，欲轉乘高鐵之旅客須至地面層進行站外轉乘，地下一樓為大廳層，欲搭乘台鐵之旅客可於此站內轉乘，地下二樓為月台層，設有一座島式月台及全高式月台門。