大東站為地下三層車站，為高雄捷運目前唯一的疊式車站，設有2處出入口，地下一樓為車站大廳層，地下二樓為2號月台，設有一座側式月台及全高式月台門，地下三樓為1號月台，設有一座側式月台及全高式月台門。