第二淨水場自頭前溪隆恩堰取得原水，經過分水井、膠凝池、沉澱池、快濾池、經加氯消毒，送至清水池。膠凝池、沉澱池及快濾池處理後的廢水，經過廢水池、濃縮池及污泥脫水機處理後再利用。廢水池的上澄液，可回收至分水井；濃縮池的上澄液，可回收至廢水池後再處理使用。